Заведующий кафедрой акушерства, гинекологии и неонатологии и кафедрой акушерства, гинекологии и репродуктологии, а также руководитель клиники акушерства и гинекологии ФГБОУ ВО ПСПбГМУ им. акад. И.П. Павлова Минздрава РФ. Председатель объединенного совета по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата и доктора медицинских наук  Д 999.120.02 на базе ФГБОУ ВО «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет им.акад.И.П.Павлова» Минздрава РФ и ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный педиатрический медицинский университет» Минздрава РФ. Ученый секретарь Ученого Совета, член научного и клинического совета ФГБОУ ВО ПСПбГМУ им.акад.И.П.Павлова Минздрава РФ.

Член Правления Российского общества акушеров-гинекологов. Почетный Доктор НИИ акушерства, гинекологии и репродуктологии им.Д.О.Отта. Председатель редакционного совета журнала «Акушерство и гинекология Санкт-Петербурга», член редколлегии журналов «Архив акушерства и гинекологии им. В.Ф. Снегирева» (Москва), «Ученые записки Санкт-Петербургского государственного медицинского университета им. акад. И.П. Павлова» (Санкт-Петербург), «Клиническая больница» (Санкт-Петербург); «Хирург» (Москва). Член Европейского общества гинекологической эндоскопии (ESGE), член международного общества эндометриоза и заболеваний матки (SEUD).

Возглавляемыми проф. Беженарем В.Ф. научными коллективами, разработаны инновационные подходы к лечению декомпенсированных и сочетанных форм пролапса тазовых органов у женщин, к созданию новых мини-инвазивных хирургических методов коррекции урогенитальных расстройств у женщин, а также комбинированных методов лечения больных с тяжелыми формами наружного генитального эндометриоза и миомы матки. Эти достижения описаны в научных публикациях, а также в патентах и патентных заявках.
Проф. В.Ф.Беженарь автор и соавтор более 400 опубликованных научных работ, среди которых учебник и 8 монографий, главы в руководствах для врачей, соавтор 4 патентов на изобретения. 26 научных статей проф. В.Ф.Беженаря включены в международные базы цитирования Medline, Scopus, Web of Science. Индекс Хирша РИНЦ – 17.

Под руководством проф. В.Ф. Беженаря защищено 17 диссертаций на соискание ученой степени кандидата медицинских наук и 2 диссертации на соискание ученой степени доктора медицинских наук.

Проф. В.Ф.Беженарь является одним из ведущих экспертов страны в области эндоскопических методов хирургического лечения гинекологических больных. Неоднократно включался в состав экспертных групп Минздрава РФ по разработке отраслевых клинических протоколов по акушерству и гинекологии. Является врачем высшей квалификационной категории, имеет сертификаты врача-специалиста по "Акушерству и гинекологии", «Онкологии», «Преподаватель высшей школы», «Основы информационных технологий», «Организации здравоохранения и общественному здоровью», "GCP".

Проф. В.Ф.Беженарь является приглашенным профессором и регулярно читает лекции и проводит мастер-классы в Страссбургском и Аувернском Университетах (Франция).